Музеев, в которых собраны доисторические материалы из коллекций археологических раскопок, довольно много. Но музей университета св. Иосифа уникален тем, что является единственным подобным аналогом в арабских странах. Его официальное открытие состоялось еще в 2000 г.  и было приурочено 125-летию университета.

В музее можно увидеть не только останки первых поселенцев и кости животных, но также и находки, в которых отображен уклад жизни людей прошлого: кремневые орудия, ножи, серпы, кирки, жернова и т.д. В наличии имеются также и некоторые виды оружия, с помощью которого люди каменного века и более поздних эпох охотились и добывали себе пищу. На базе музея проходит множество экспозиций и выставок, в частности «Наследие Дарвина».

Также очень популярны тематические выставки. Одна из таких экспозиций (посвященная проблемам урбанизации арабских городов) затрагивает ряд существенных вопросов сегодня. Вследствие быстрых темпов расширения городов, строительства автомагистралей, увеличения площади карьеров, в которых ведется активная добыча песчаника, уничтожаются места, имеющие для археологов большую научную ценность. Один из учредителей выставки Анри Флейш составил своеобразный фотоархив разрушений. В нем явно прослеживается влияние урбанизации на тех участках нетронутой до определенного момента земли, где находились поселения людей, живших в эпоху более раннюю, чем финикийцы. Полностью уничтоженной в результате строительных работ еще в 1960 г. оказалась пещера Антельяс, в которой немногим ранее находили редкие инструменты эпохи палеолита. А в населенном пункте Наам на месте строительства автострады в Южный Ливан были уничтожены многочисленные останки костей животных древности.

И тем не менее, музей активно принимает участие в археологических проектах, сотрудничает с профильными организациями, университетами разных стран. В 2004 г. начался исследовательские раскопки в районе сирийского Хомса.