Но и храм св. Иоанна был, оказывается построен не на пустом месте. Есть прямые доказательства, что еще ранее здесь находился древнеримский храм. Вошедший в 1187 году в город султан Салах ад-Дин преобразовал храм в мечеть. А спустя еще десять лет мечеть вновь стала храмом благодаря захватившим город крестоносцам.

Мечеть вновь была восстановлена в 1291 году, это было время правления халифа Омара бин Хаттаба (период мамлюков). Восстановленная мечеть была названа в честь халифа. После этого она использовалась только в этом качестве и именно в таком виде и сохранилась до дня сегодняшнего.

Когда в Бейруте шла гражданская война, мечеть разделила участь других поврежденных зданий города, однако впоследствии была произведена масштабная городская реконструкция всего центра Бейрута. Мечеть была восстановлена и сегодня она открыта для посетителей.