Третьим по дате создания музеем на всем Ближнем Востоке после каирского и константинопольского ста Музей, созданный в Бейруте при Американском университете.  Поводом к созданию музея послужило получение в подарок этому университету интереснгой коллекции керамики с Кипра. Это случилось в 1868 году. Уратором этой коллекции в то время стал Джорж Пост, специализирующийся на хирургии и получившим звание профессора по ботанике. В 1902 году на ведущееся строительство зала музея были пожертвованы средства от Мориса Джесупа, после чего музей стал постоянно пополняться новыми экспозициями, среди которых занимали свое место находки из Ирана, Ирака, Египта, Ливана, палестины и Сирии.

Научная команда музея постоянно принимала участие в различных раскопках и доисторических исследованиях. Также постоянно велся обмен экспонатами с другими экспозициями мира. К примеру, бостонский университет предоставил музею результаты своих раскаопок, проводившихся в 1948 году в Ксар Акиль. Это было крайне интересное расследование, в результате которого было отображено тридцать семь культурных слоев, использовавших кремневые орудия.

Музей был закрыт во время Второй мировой войны и вновь начал функционировать в 1948 г.