В течение многих столетий храмы Баальбека лежали под метрами щебня и под средневековыми постройками. Но даже в руинах этот участок привлекал восхищенные взгляды посетителей, и его историческая важность была признана многими историками и археологами. Первая обзорная работа и реконструкция Баальбека была начата Немецкой Археологической Миссией в 1898 году. В 1922 году французские ученые предприняли обширное исследование и восстановление храмов, работа, которая была продолжена ливанским Управлением по Древности. Храмы Баальбека были построены в древние времена, некоторые были возведены, по крайней мере, до конца третьего тысячелетия до н.э. Немного известно об участке во время этого периода, но есть свидетельство, что в начале первого тысячелетия до н.э.. на месте древнего храма располагался двор, и алтарь был установлен в центре этого двора по традиции библейских Семитских алтарей. Во время Эллинистического периода (333-64 гг. до н.э.) греки ассоциировали бога Баальбека с богом солнца, и город называли Гелиополем или Городом Солнца. В это время был увеличен древний двор, и подиум был установлен на его западной стороне, чтобы поддержать храм классической формы. Хотя храм никогда не строился, руины строения Эллинистического дизайна могут быть замечены. И именно на территории этого древнего двора римляне поместили существующий Большой Двор Храма Юпитера.

Строительство храма было начато в последней четверти 1-ого столетия до н.э., и приближалось к завершению в заключительные годы господства Нерона (37-68 гг. нашей эры). Комплекс Большого двора храма Юпитера, с его портиками, exedrae, алтарями и бассейнами, был построен в 2-ом столетии нашей эры. Строительство так называемого храма Вакха было также начато приблизительно в это время. Propylaea и Шестиугольный двор храма Юпитера были добавлены в 3-ьем столетии во время правления Династии Северов (193-235 гг. нашей эры), и работа была по-видимому закончена в середине 3-ьего столетия. Маленькая круглая структура, известная как Храм Венеры, была, вероятно, закончена в это время также. Когда Христианство было объявлено официальной религией Римской империи в 313 году нашей эры, Византийский Император Константин официально закрыл храмы Баальбека. В конце 4-ого столетия Император Феодосий разрушил алтари Большого Двора Юпитера и построил базилику, используя камни храма и архитектурные элементы. Остатки трех апсид этой базилики, первоначально ориентируемой на запад, могут все еще быть замечены в верхней части лестницы Храма Юпитера.  После арабского завоевания в 636 году храмы были преобразованы в крепость, или qal'a, термин все еще относился к Акрополю сегодня. В течение следующих столетий Баальбек последовательно переходил от династии к династиям - Омайядов, Аббасидов, Тулунидов, Фатимидов и Айюбидов. Разрушенный монголами приблизительно в 1260 году, позже во время правления Мамлюков, Баальбек снова процветал.